Las membranas mucosas que recubren el tracto digestivo, las vías aéreas, las vías urinaria y genital, y la conjuntiva ocular, separan el organismo del medio ambiente. La mucosa del tracto digestivo es la más vulnerable y extensa debido a su enorme superficie, 200 veces mayor que la de la superficie cutánea, y al pequeño grosor de la misma consistente en una capa única de enterocitos. Además, se encuentra sometida a una estimulación constante durante toda la vida, por antígenos de la dieta, la flora bacteriana normal, y microorganismos patógenos, entre otros factores. El sistema inmune del tracto digestivo, desarrollado en los mamíferos superiores, constituye la primera línea de defensa del organismo frente al medio externo, y contiene la mayor colección
de células inmunocompetentes del organismo. Sus principales funciones son proteger al organismo de la colonización de patógenos, impedir la absorción de antígenos intactos, y prevenir el desarrollo de respuestas inmunológicas potencialmente
dañinas frente a los antígenos que cruzan la barrera epitelial.
La inmunidad mucosa ha evolucionado para mantener la absorción selectiva y la función barrera intestinal a pesar del continuo estímulo antigénico, siendo capaz de discriminar entre agentes patógenos y las proteínas de la dieta (inofensivas). Las respuestas de la inmunidad adaptativa que se desarrollan en el tracto digestivo son el resultado de un proceso de selección evolutiva bajo el influjo constante de todos los antígenos que llegan a la luz intestinal, y se caracterizan por la hiperactividad de los mecanismos de
inmunorregulación, que promueven la exclusión no agresiva (no inflamatoria) de patógenos mediante anticuerpos protectores locales (IgA secretora), y la supresión activa tanto de las respuestas sistémicas específicas frente a antígenos inertes (tolerancia oral), como de la amplificación de los mecanismos efectores de la inmunidad innata. A diferencia de ésta, la inmunidad sistémica se caracteriza por favorecer las reacciones agresivas frente a los antígenos extraños, por reacciones de citotoxicidad mediadas por linfocitos o anticuerpos, o la activación del complemento, entre
otros mecanismos.